El general Julio Argentino Roca dejó la Casa Rosada en manos de Quintana el 12 de octubre de 1904.

Su último mensaje presidencial fue el de Mayo de 1905. En Diciembre de ese año, ya muy enfermo, siguió concurriendo a su despacho y atendiendo las tareas del Gobierno. Alcanzó a gobernar durante 17 meses completos, en horas dramáticas y de gran agitación social.

El 25 de enero de 1906 Quintana solicita licencia en sus funciones de presidente por motivos de salud y se retira a una finca en el actual barrio de Belgrano, donde muere el 12 de marzo de 1906. La presidencia es asumida por su vicepresidente José Figueroa Alcorta.

Fue velado en la Casa Rosada

Desde allí, sus restos fueron trasladados al cementerio de la Recoleta, en donde fue despedido en medio de numerosos oradores